西北农林科技大学档案馆是在七个科教单位档案室的基础上，于2000年7月组建的。副处级建制，挂靠党委校长办公室，任命李文艳同志为档案馆馆长。下设办公室、业务指导室、人事档案室。并设有校史实物陈列室1个。各职能部门、学院有1名负责人分管本部门档案工作，有>兼职档案人员56名，现已形成全校的档案管理网络。
档案馆现有工作人员21人，其中高级职称2人，中级职称8人。档案馆一贯重视业务建设，使业务水平不断提高，先后完成了科研项目2项，完成编研项目20余项，其中有5人先后被评为全国、省级及校级先进档案工作者和优秀党员。
档案馆馆藏档案门类齐全，除设有高等学校常规的党群、行政、教学、科研等10个门类的档案外，还设有人物、声像、实物等不同类别或载体的档案和校史资料及文物。现馆藏档案127783卷20790件，人事档案28607卷（其中教职工档案4732卷，学生档案23875卷）。馆藏档案分为9个全宗：（1）西北农业大学（1934-1999年）；（2）西北林学院（1979-1999年）；（3）中国科学院水利部水土保持研究所（1956-1999年）；（4）水利部西北水利科学研究所（1940-1999年）；（5）陕西省农业科学院（1952-1999年）；（6）陕西省林业科学院（1958-1999年）；（7）陕西省中国科学院西北植物研究所（1965-1999年）；（8）西北农林科技大学（1999-至今）；（9）人事档案（1934-至今）：主要由教职工、学生档案组成。这些档案与资料不仅是学校成立、发展变迁的原始凭证，也是研究中国高等农业教育史不可缺少的珍贵史料。
馆藏档案起始于1933年，记载着学校悠久历史和办学传统。馆藏珍品有：于右任先生和杨虎城将军筹建时期的实物和照片，刻有“农专右任”字样的青砖；戴季陶题写的“奠基词和《西北农林教育之意见书》；1933年购地地契；明代状元康对山著《武功县志》（清代版本）；国立西北农林专科学校筹备会议期间蔡元培、于右任、朱家骅、张继、辛树帜等著名人士的亲笔签名；教育部成立国立西北农学院的批文；蒋介石、陈立夫、蒋经国等人签发的委任状；抗战期间进步学生“亢丁”壁报；日军轰炸三号教学楼照片以及财产损失情况报告等。2003年利用馆藏资源，建成了校史实物陈列室。陈列的主要内容有：学校历史沿革、文物史料、科研获奖成果、领导视察及题词、专家名人简介和校际交流的纪念品等。开馆以来，接待了数批省内外参观者和杨凌电视台专题采访，得到了较好的评价。
严格规范、建章立制，先后制定了《西北农林科技大学档案馆职责》、《西北农林科技大学档案馆馆长职责》、《兼职档案人员职责》、《西北农林科技大学档案管理办法》、《档案工作保密制度》《档案库房管理制度》及各门类档案工作规范等20项规章制度，为档案工作的标准化、规范化管理，依法制档奠定了良好的基础。
2003年6月，档案馆新馆改建完毕并投入使用。新馆面积2760平方米，其中库房600平方米，库房内基础设施配有大功率空调、去湿机、档案柜、底图柜，实物档案陈列柜等和防火、防盗、防虫等设施。
2001年被省档案局确定为“卷改件”试点单位，推行文件级管理工作，探索出一套高校档案领域具有特色的“卷改件”整理工作的新方法。经过检查验收后，我校档案馆开展的全省首家“卷改件”工作在全省进行推广。当年共接待前来参观学习者达500余人次。
档案馆十分重视档案的现代化管理，拥有多台配置较高的微机和自动化办公设备。现有计算机、扫描仪、激光打印机、彩色打印机、复印机、投影仪等设备40台。采用“南大之星”档案管理系统，建立了档案馆局域网，建立了机读目录数据库、照片档案数据库。独立设计建成了档案馆网站。著录案卷级、文件级目录3万余条，初步实现了馆藏档案的计算机检索。另外，利用现代化设备对馆藏历史档案、照片及资料进行数字化处理（扫描、拍摄、刻录光盘等），有效地保护、研究与开发了档案信息资源。
档案馆通过对档案资料文献进行编篡和二次、三次加工，以专题的方式，系统提供给用户，变被动为主动，提高了服务层次。自建馆以来，全馆在省级以上刊物发表学术论文20余篇。编辑出版了学校年鉴》(1999-2007)、《西北农林科技大学组织沿革》、《档案利用效果汇编》、《西北农林科技大学民主革命回忆录》等15种编研资料；参与了《西北农林科技大学大事记》、《杨凌区志》等5种资料的编写及大量照片的提供利用工作。为学院制定规划、教学改革、科研管理、教学评估、重点实验室评估等提供了大量依据，实现了全方位服务。
档案馆多次被评为省、部高校系统先进集体，2002年获得省教工委、教育厅“陕西高等学校档案工作先进单位”荣誉称号；2004年获陕西省教工委、教育厅精神文明建设“创佳评差”最佳单位；2004年获得陕西省人事厅、省档案局“全省档案工作先进集体”光荣称号；2005年通过陕西省档案目标管理AAA级认证。2005年被国家档案局确定为全国农业和农村档案工作十个联系单位之一。国家档案局郭树银、杨公之副局长先后来馆视察。2008年获陕西省教育厅 “全省高校档案工作先进单位”荣誉称号；2008年荣获教育部直属高校档案工作协会先进单位称号。
