西北农林科技大学档案馆是在七个科教单位档案室的基础上，于2000年7月组建的。副处级建制，挂靠校长办公室。建馆指导思想是以学校体制改革方案为依据，以建设高校一流现代化档案馆为目标，以统一管理和利用为原则，依托两所高校和5个科研院所现有档案、基础设施和档案管理人员等各项资源，将档案馆建设成为设施先进、功能齐全、服务一流的现代化高校档案馆。

档案馆统一管理全校档案，是学校档案工作的职能部门，又是保存、提供利用本校档案的事业性机构。档案馆下设办公室、综合档案室、人事档案室。现有档案管理人员23人。办公室负责日常党政事务及部门工作的协调、档案编研的开展、技术开发和档案统计工作；综合档案室承担各类档案的管理和开发利用工作；人事档案室负责全校教职员工、学生档案日常管理利用等工作。由于档案馆目前处于改建阶段，对原西北农业大学档案、西北林学院档案、水保所档案、水科所档案、省农科院档案、省林科院档案、西北植物所档案实行分散管理，每室配备1-2人负责对该室合校前形成档案的收集、整理、保管和利用。另抽6-7人负责学校组建后新全宗的建立。西北农林科技大学档案馆按照高校档案模式进行管理，依据高校档案实体分类设有：党群、行政、教学、科学研究、基本建设、仪器设备、产品生产与科技开发、科技外事、出版物、财会、人物、声像、实物十三个门类。

制定了西北农林科技大学档案馆职责，西北农林科技大学档案馆馆长职责，西北农林科技大学档案馆工作人员职责，兼职档案人员职责，西北农林科技大学档案管理办法，档案查阅办法，档案工作保密制度，档案统计制度，档案库房管理制度和各门类档案工作规范等规章制度，为档案工作的标准化、规范化管理，依法制档打下了良好的基础。

2001年，国家“档案行业标准”颁布后，在省档案局指导下，认真贯彻档案行业新标准，并被省档案局确定为省内首家卷改件试点单位，在归档过程中，始终以“简化整理、深化检索”为指导思想，“卷改件”工作与现代化管理同步并进，依据高校档案实体分类法，实现文件到档案的最终转化，建立数据库，实现了计算机管理和检索，“卷改件”工作为我校档案工作逐步向电子档案的过渡以及文件一体化的实现奠定了良好基础。